在晴朗明丽的一天，羊村正举行防护体系揭幕仪式，这是慢羊羊村长的最新创造，该体系能够抵抗上千伏的电压。谁知这时灰太狼俄然呈现搅局，不久前他创造了羊味罐头，由此变成当今最炙手可热的科学家，但是没能抓到羊羔依然是他心中隐约的伤痛。灰太狼操作气候控制器与羊羊特工队打开殊死搏斗。受伤的喜羊羊偶尔结识了熊猫旺财，而对方的实在身份是灭绝了良久的蛇。受挫的灰太狼专注晋级气候控制器，却疏忽了老婆和灰灰的感受，而他的失误也导致气候控制器失控。危险时间，青青草原的各位意外发现长远曾经蛇族创造的诺亚神舟。但是为了发动神舟，有必要得到蛇族的帮助。为此，羊羊特工队和机械喜羊羊踏上阴险莫测的冒险旅程…… 
本片为《喜羊羊与灰太狼》系列第五部剧场版动画。